
emule per GNU/Linux si chiama amule e puoi trovarlo direttamente in synaptic oppure scrivendo in terminale
sudo apt-get install amule
per amule adunanza invece devi stallare il punto deb... immagino che tu l'abbia scaricato da qui:
http://sourceforge.net/project/showfile ... _id=595551
la versione giusta è la penultima, le prime "svn" sono quelle in testing, l'ultima è per piattaforma PowerPc
per skype ti consiglio di aggiungere un repository una lista aggiuntiva di programmi così in caso di aggiornamenti provvede il sistema ad aggiornare automaticamente skype

sudo gedit /etc/apt/sources.list
alla fine del testo incolla
deb http://download.skype.com/linux/repos/debian/ stable non-free
e sempre nel terminale aggiorna la lista dei programmi installabili con
sudo apt-get update
e installa skype
sudo apt-get install skype
è possibile fare tutto via gui ma questo è il modo più rapido e valido per tutte le distribuzioni debian derivate
il linea di massima per installare un software da sorgente si procede in questo modo:
scompattare l'archivio ed andare nella directory con il terminale "per le operazioni più comuni vedi qui":
ed eseguire i seguenti comandi:
./configure
./configure serve per controllare se hai installato tutte le dipendenze, se ti da un'errore significa che quella libreria nell'errore manca nel tuo sistema e devi installarla, leggi il readme oppure posta parte dell'errore su google

successivamente prepariamo l'ambiente alla compilazione con
sudo make
e successivamente installiamo il tutto con
sudo make install
questa è la procedura standard, a volte manca il make oppure è sufficiente scriverte in terminale
sudo ./setup-sh
oppure
sudo ./install
normalmente ci sono le istruzioni

Per la scheda audio purtroppo è un bug e non ci sono driver proprietari... innanzitutto prova a disabilitare l'ACPI dal bios e vedi se cambia qualcosa
se ancora non va prova a scriver in terminale
sudo /etc/init.d/alsa-utils reset
e
sudo alsaconf
riavvia e dicci come va...