Come unirsi al team genome
Inviato: 06 giu 2002, 13:51Genome@home è un progetto di calcolo distribuito per la ricerca sul genoma umano. (per maggiori informazioni a riguardo consultare http://gah.stanford.edu).
Questo progetto di "calcolo distribuito" viene appunto detto così perchè a Stanford, sede del progetto, il server e i vari computer a disposizione non sono sufficienti per elaborare le grosse quantità di informazioni che riescono a trovare, ecco perchè distribuiscono i geni su internet in modo tale che chi vuole aiutare nella ricerca elabora per loro il gene assegnato dal server.
Dal sito di Genome si possono trovare le statistiche. Un utente può elaborare i geni:
- in modo anonimo, ovvero i risultati inviati al server non saranno attribuiti a lui
- con un suo username e senza team, sarà presente il suo nome nelle User Stats
- con un suo username e un suo team (come nel nostro caso), dove l'utente sarà si presente nelle User Stats, e farà parte di un Team che a sua volta sarà presente nelle Team Stats
Come partire:
Collegarsi al sito http://gah.stanford.edu e cliccare su download. Compilare il modulo con le informazioni necessaria (e-mail, username, ect...) ATTENZIONE CHE LO USERNAME E' CASE SENSITIVE ovvero scrivere NILUS è diverso da scrivere nilus. Quindi, scaricate il client per il vostro sistema operativo. Eseguite il file scaricato e completate l'installazione. Per gli utenti di Windows X rimuovere il collegamento da Esecuzione automatica. Andare su Start > Programmi > Genome@home > Reconfigure user info e scrivere:
* user name: scrivete l'username che avete scelto prima di scaricare il client mi raccomando attenzione alle maiuscole e minuscole
* team account number: per unirsi al team di AMD Planet inserire 361714492
* Server: date invio
* Port: date invio
* Firewall: date invio
Se non esce automaticamente premete CTRL+C, quando richiederà per la seconda volta l'username.
Ora, il server deve attribuirci un numero, detto ID. Per fare ciò eseguire il client in modalità normale: Start > Programmi > Genome@home > Genome@home
Scaricherà l'ID e lo mostrerà nella finestra. Quindi, scaricherà un gene da elaborare. I geni arrivano ad una grandezza massima di 99. In base alla grandezza dipendono i punti attribuiti. Quando avrà scaricato il gene comparirà una cosa simile a questa:
Creating filtered rotamer library
80 positions to filter
1
2
3
E continua a contare fino al numero sopra indicato (nell'esempio 80).
Se il gene scaricato non vi va bene perchè è troppo grande o è troppo piccolo fermare il client con CTRL+C (usate sempre questa combinazione per uscire dal client in ogni occasione, evitate di usare la X sulla barra del titolo) e avviate Clear bad work & restart che elimina il vecchio gene scaricato e ne scarica un altro. Se ancora non vi va bene rieseguite l'operazione (CTRL+C, e di nuovo Clear bad work & restart).
Quando vi siete trovati un gene da elaborare, uscite dal client (CTRL+C) e avviate Run off network. La differenza è che Run Off Network, quando finisce di elaborare il gene lo ricomincia da capo. Questa operazione non è inutile, si può paragonare a guardare il mondo da diverse angolazioni: è sempre diverso.
Il gene è diviso in 30 sequenze, le quali a loro volta in 10 sub-sequenze. Durante l'elaborazione vi comunica a che sequenza è arrivato (1 of 30, 2 of 30 ect) e la sub-sequenza in percentuale (10% 20% 30% ect). Quando arriverà al 100% della 30esima sequenza il gene sarà finito, e con Run off Network lo ricomincierà da capo.
Come mandare i risultati al server:
Se il client è in esecuzione fermatelo assolutamente (sempre con CTRL+C), ed eseguite Upload results. Il numero di geni elaborati viene comunemente definito "cache".
Link utili:
* http://genomeathome.stanford.edu pagina principale del sito di Genome@home
* http://gah.stanford.edu/teams/AMD_Plane ... Italy.html statistiche del nostro team AMD_Planet_Genome_Italy
* http://genomeathome.stanford.edu/teamstats.html statistiche generali dei Teams
* http://genomeathome.stanford.edu/userstats.html Top 1000 utenti di genome
* http://www.statsman.org/genomestats/ statistiche in Java con comparazioni, risultati toali, settimanali, ect...
* http://www.mycgiserver.com/~nilus/genome.php3 una semplice pagina che ho fatto in php che in base alla grandezza del gene vi dice quanti punti (units) vale
Se avete domande, suggerimenti, ect... chiedete pure.
Ciao
Questo progetto di "calcolo distribuito" viene appunto detto così perchè a Stanford, sede del progetto, il server e i vari computer a disposizione non sono sufficienti per elaborare le grosse quantità di informazioni che riescono a trovare, ecco perchè distribuiscono i geni su internet in modo tale che chi vuole aiutare nella ricerca elabora per loro il gene assegnato dal server.
Dal sito di Genome si possono trovare le statistiche. Un utente può elaborare i geni:
- in modo anonimo, ovvero i risultati inviati al server non saranno attribuiti a lui
- con un suo username e senza team, sarà presente il suo nome nelle User Stats
- con un suo username e un suo team (come nel nostro caso), dove l'utente sarà si presente nelle User Stats, e farà parte di un Team che a sua volta sarà presente nelle Team Stats
Come partire:
Collegarsi al sito http://gah.stanford.edu e cliccare su download. Compilare il modulo con le informazioni necessaria (e-mail, username, ect...) ATTENZIONE CHE LO USERNAME E' CASE SENSITIVE ovvero scrivere NILUS è diverso da scrivere nilus. Quindi, scaricate il client per il vostro sistema operativo. Eseguite il file scaricato e completate l'installazione. Per gli utenti di Windows X rimuovere il collegamento da Esecuzione automatica. Andare su Start > Programmi > Genome@home > Reconfigure user info e scrivere:
* user name: scrivete l'username che avete scelto prima di scaricare il client mi raccomando attenzione alle maiuscole e minuscole
* team account number: per unirsi al team di AMD Planet inserire 361714492
* Server: date invio
* Port: date invio
* Firewall: date invio
Se non esce automaticamente premete CTRL+C, quando richiederà per la seconda volta l'username.
Ora, il server deve attribuirci un numero, detto ID. Per fare ciò eseguire il client in modalità normale: Start > Programmi > Genome@home > Genome@home
Scaricherà l'ID e lo mostrerà nella finestra. Quindi, scaricherà un gene da elaborare. I geni arrivano ad una grandezza massima di 99. In base alla grandezza dipendono i punti attribuiti. Quando avrà scaricato il gene comparirà una cosa simile a questa:
Creating filtered rotamer library
80 positions to filter
1
2
3
E continua a contare fino al numero sopra indicato (nell'esempio 80).
Se il gene scaricato non vi va bene perchè è troppo grande o è troppo piccolo fermare il client con CTRL+C (usate sempre questa combinazione per uscire dal client in ogni occasione, evitate di usare la X sulla barra del titolo) e avviate Clear bad work & restart che elimina il vecchio gene scaricato e ne scarica un altro. Se ancora non vi va bene rieseguite l'operazione (CTRL+C, e di nuovo Clear bad work & restart).
Quando vi siete trovati un gene da elaborare, uscite dal client (CTRL+C) e avviate Run off network. La differenza è che Run Off Network, quando finisce di elaborare il gene lo ricomincia da capo. Questa operazione non è inutile, si può paragonare a guardare il mondo da diverse angolazioni: è sempre diverso.
Il gene è diviso in 30 sequenze, le quali a loro volta in 10 sub-sequenze. Durante l'elaborazione vi comunica a che sequenza è arrivato (1 of 30, 2 of 30 ect) e la sub-sequenza in percentuale (10% 20% 30% ect). Quando arriverà al 100% della 30esima sequenza il gene sarà finito, e con Run off Network lo ricomincierà da capo.
Come mandare i risultati al server:
Se il client è in esecuzione fermatelo assolutamente (sempre con CTRL+C), ed eseguite Upload results. Il numero di geni elaborati viene comunemente definito "cache".
Link utili:
* http://genomeathome.stanford.edu pagina principale del sito di Genome@home
* http://gah.stanford.edu/teams/AMD_Plane ... Italy.html statistiche del nostro team AMD_Planet_Genome_Italy
* http://genomeathome.stanford.edu/teamstats.html statistiche generali dei Teams
* http://genomeathome.stanford.edu/userstats.html Top 1000 utenti di genome
* http://www.statsman.org/genomestats/ statistiche in Java con comparazioni, risultati toali, settimanali, ect...
* http://www.mycgiserver.com/~nilus/genome.php3 una semplice pagina che ho fatto in php che in base alla grandezza del gene vi dice quanti punti (units) vale
Se avete domande, suggerimenti, ect... chiedete pure.
Ciao
ahah